El procesamiento de la materia prima para la producción de harina y aceite de pescado sigue esencialmente un ciclo de cocción, prensado, extracción y secado que separa la harina y el aceite de pescado, produciendo solo vapor como subproducto. En efecto, se produce un producto que incorpora toda la materia prima que no sea una fracción importante del agua que contenía.

El procesamiento sigue procedimientos estrictos de gestión de calidad para garantizar que los parámetros del producto final estén dentro de los rangos reconocidos para nutrientes y contaminantes. El proceso es altamente técnico para retener las cualidades nutritivas que se encuentran en la materia prima en la medida de lo posible, y asegurar que se transfieran a los productos finales de harina y aceite de pescado.