El objetivo del control de calidad es asegurar que la harina y el aceite de pescado no estén contaminados, tengan un alto valor nutricional conforme a su naturaleza, y produzcan los resultados deseados. La calidad del producto abarca los aspectos físicos como la frescura y aspecto, y las características organolépticas además de la calidad nutricional.

Algunos de los factores del control de calidad tomados en consideración durante el procesamiento de harina y aceite de pescado son: 

• Frescura de la materia prima: Esto es importante en su efecto sobre la calidad de la proteína en el producto final; es importante para minimizar el tiempo entre la captura del pescado y el procesamiento, además de su conservación al almacenarlo en  hielo/agua refrigerada con el fin de evitar el deterioro. El deterioro produce aminas biogénicas tales como la histamina y cadaverina, que son indicadoras del deterioro.
• Temperatura de exposición durante el procesamiento: el control del procesamiento en la fábrica es necesario para la elaboración de harina de pescado de alta calidad. La cocción suave (a 90C o menos) y el secado (a 90C o menos) incrementan el valor nutricional – especialmente la digestibilidad y durante este proceso muchas bacterias perjudiciales en los pescados son destruidas.
• Estabilidad de la grasa: Hay una alta proporción de ácidos grasos poliinsaturados en la grasa de la harina de pescado – omega-3 de cadena larga, especialmente EPA y DHA. Estos son susceptibles a la oxidación (ranciedad). Por lo tanto, el uso de un antioxidante como la etoxiquina es recomendable para las especies aceitosas, especialmente en climas calurosos.
• Higiene: Toda la manipulación de los pescados en los buques, las bandas transportadoras, los pozos etc. debe ser bajo estándares de buena higiene con el fin de minimizar el deterioro y mejorar la calidad del producto. Es recomendable mantener separadas las áreas húmedas y secas de la fábrica y reducir a un mínimo el transporte de personal y equipo de una sección a otra. Se deben tomar precauciones especialmente contra la contaminación con salmonella pero otros contaminantes como Vibrium Cholerae y Shigella pueden ocurrir. Por lo tanto se debe evitar de todas maneras posibles la contaminación con excrementos de pájaros durante el almacenamiento o la presencia de otros animales o insectos en el local y es necesaria la implementación de un programa de limpieza adecuado.

La seguridad de los alimentos balanceados es esencial tanto para el bienestar de los animales como para la salud humana donde los animales de cría son la fuente de muchos productos para consumo humano. Por lo tanto, la seguridad del alimento balanceado y de la cadena alimentaria debe ser el objetivo principal de la industria. La Alianza Internacional de Seguridad Alimenticia IFSA es un proyecto conjunto iniciado por las principales organizaciones de seguro de la industria europea de alimentos balanceados como la Confederación de Industrias Agrícolas (AIC) del Reino Unido con FEMAS, Overlegplatform Voedermiddelenkolom VZW (OVOCOM) de Bélgica con GMP Animal Feed, Productschap Diervoeder (PDV) de los Países Bajos con GMP+, QS Qualität und Sicherheit GmbH (QS) de Alemania con QS-manual y Fédération Européenne des Fabricants d’Aliments Composés/la Federación Europea de la Industria de Alimentos Balanceados (FEFAC). Este programa está basado sobre ISO 19011:2002 y HACCP (Análisis de Peligros y Puntos de Control Críticos) y las normas incluyen requisitos para solicitantes y los auditores. HACCP implica a inspectores exteriores que aseguran que puntos de control críticos se identifiquen correctamente y que los controles sean supervisados y registrados cuidadosamente. Cualquier desviación fuera del límite de tolerancia es investigado y resuelto rápidamente con documentación completa para la referencia futura. Los esquemas de garantía de calidad se diseñan para asegurar que productos son trazables, seguros y puros.

• Trazabilidad: La harina y el aceite de pescado deben ser trazables desde el usuario (mezclador de alimentos balanceados) al productor incluyendo el transporte y almacenaje.
• Seguridad: La harina y el aceite de pescado deben ser seguros, cumpliendo con todos los requisitos legislativos para contaminantes, pureza, libres de organismos patógenos y micotoxinas, libres de toxinas naturales etc.
• Pureza: Harina y aceite de pescado debe ser producido en fábricas dedicadas únicamente a la manipulación de pescados u otros animales acuáticos como los crustáceos o moluscos y ningún otro animal como mamíferos o aves. Se dispone de pruebas meticulosaspara asegurar que no ocurra ninguna contaminación a lo largo de la cadena de manipulación.